あらすじ
1969年の東京を舞台に、地球は「インベーダー」と呼ばれる謎の敵の攻撃にさらされていた。一般市民がその存在を知らない中、秘密組織A.E.G.I.S.(イージス)にとって、インベーダーの脅威は現実のものとして存在した。高校生の浮矢瞬は、ある日、登校中に少女とインベーダーの戦いを偶然目撃する。成り行きから少女を助けた瞬は、自身もまた、特殊な力を持つ「ゲート」を発生させる能力者であることを知る。その力を持つ者はごく少数に限られる。こうして瞬はA.E.G.I.S.に加入し、他のゲートキーパーズを探し出し、街を守るため戦いに身を投じる。同時に、彼は嫌悪する亡き父と同じ道を辿らぬよう、葛藤を抱える。