地獄先生ぬ～べ～　午前０時ぬ～ぺ～死す！

鵺野鳴介が担任を務めるクラスに、ジュンという名の転校生がやってくる。ジュンは道化師を愛する孤独な少年で、鏡の中に住むピエールという道化師が唯一の友であった。ある夜、ピエールはジュンに奇妙な力を持つマスクを授ける。その日からジュンの行動は奇妙なものとなり、学校では不可解な事故が頻発し始める。事件が深刻化するにつれて、ぬ～べ～は背後に潜む超自然的な存在の関与を疑い、ジュンと謎のマスクとの関連性を探る。ぬ～べ～は、学校を飲み込み生徒たちを危険に晒す混乱がこれ以上拡大する前に、ピエールの正体とマスクの力の真相を解き明かす必要に迫られる。生徒たちを迫りくる闇から守るため、ぬ～べ～は時間との戦いに挑むことになる。