「神魂合体ゴーダンナー!! SECOND SEASON」は、前作「神魂合体ゴーダンナー！！」の最終話で描かれた衝撃的な展開の直後から物語が始まる。主人公の杏奈は、ネオオクサーを操縦するミラを目撃し、その事実に驚きを隠せないでいた。
