あらすじ
西暦2089年、スペースウォーIから80年が経過し、人類とゼントラーディは共存するようになった。地球上での平和な日々が続く中、太陽系に「マルドゥーク」と呼ばれる新たな異星種族が出現する。SNNの新人記者である響神崎は、国連宇宙軍とマルドゥーク艦隊の初戦を取材中に、歌によってマルドゥークの戦闘能力を増幅させる「エミュレーター」と呼ばれる存在、イシュタルを発見する。響はイシュタルを地球へと連れ帰り、人類の文化や生命の尊さを教え込む。エース・バルキリーパイロットのシルビー・ジーナも加わり、響とイシュタルはマルドゥークの指導者イングスによる地球の完全な破壊を阻止すべく、その方法を模索することになる。
