あらすじ
一万年前、謎の巨大兵器「ダンガイザー」は人類の文明を裁き、その全てを灰燼に帰した。時が流れ、人類は再び文明を築き上げ、新たな繁栄を謳歌していた。しかしその陰で、邪悪な組織「ゴマ」はダンガイザーの再来を待ち望み、密かに世界支配の機会を狙っていた。超神姫ダンガイザー3は、世界の命運がダンガイザーを操縦できる特別な力を持つ3人のパイロットの覚醒に委ねられる物語である。ゴマは、覚醒したパイロットたちを操り、ダンガイザーの力を利用して世界を支配しようと企む。パイロットの覚醒を巡る争いが激化する中、第三のパイロットは自らの宿命に気づき、ゴマの野望を阻止できるのか。あるいは、世界はゴマの支配下で新たな運命を辿ることになるのか、その結末が描かれる。