あらすじ
C.E.（コズミック・イラ）71年、遺伝子調整された人類「コーディネイター」と、そうでない人類「ナチュラル」の対立を軸に描かれるSFロボットアニメ。両者の間で、地球連合とザフトによる大規模な戦争が勃発する。ザフトの部隊は、地球連合が開発した新型モビルスーツを奪取するため、中立コロニーであるヘリオポリスに潜入した。 ヘリオポリスの工業カレッジに通うコーディネイターの学生、キラ・ヤマトは、この戦火に巻き込まれる。ザフトが5機のうち4機のモビルスーツを奪取する中、キラは最後の1機であるストライクガンダムを発見し、友人たちを守るため、その操縦を余儀なくされる。混乱の中、キラは幼なじみのアスラン・ザラと再会を果たす。しかし、アスランはザフトの兵士であり、ヘリオポリス襲撃の参加者でもあった。敵対する立場となった現実に直面しながら、キラは地球連合の戦艦アークエンジェルに乗り込む。彼はかつての友や同胞と戦うことへの絶望に苦悩し、新たな仲間を守りながら、すべてを飲み込もうとする戦争の複雑な道徳的葛藤を乗り越えなければならない。
