アフランシ・シャア

アフランシ・シャアは、脳内に奇妙な記憶と情報を含む特殊な「セルチップ」を埋め込まれて育った19歳の青年である。太平洋の島でガバ・スゥという長老に育てられ、彼の死の間際に宇宙へ行くよう告げられる。恋人のエヴァリー・キーは反対するが、ORX-005 ギャプランが島に打ち上げられたことをきっかけに、彼は旅立つ決意をする。 彼は自分が伝説のシャア・アズナブルのクローンであり、自分を作り出した「Z機関」と、地球連邦政府の「人狩り機関」であるMaHA（マハ）との戦いの歴史を知る。MaHAは地球連邦政府警察庁第13特別捜査セクションとして、不法な地球居住者を発見し、スペースコロニーに強制送還する役割を担っている。アフランシと仲間たちはZ機関の戦艦「サーティ・ワン・スクエア」に乗り込み、彼は船長を差し置いてZ機関を「メタトロン」に、サーティ・ワン・スクエアを「マザー・メタトロン」に改名する。