パジャマのきみと、教室で青春を

「私たちは、きっと結ばれる運命にある」と微笑みながら語る少女は、パジャマと制服を組み合わせたような奇妙な姿をしていた。高校では制服を着用するのが当たり前であるにもかかわらず、その「普通」が許されない、学校から姿を消した少女たちが集まる場所、それが高校のゼロ年生の教室だった。主人公である「私」には、なぜか彼女たちを認識できる特異な能力があった。病院から戻り、頼れる者が「私」しかいない美しくお嬢様然としたゼロ年生、琴森 風花（こともり ふうか）が学校から消えるという奇妙な現象を解決する手助けをする中で、「私」は彼女との距離を縮めていく。さらに、その教室には、それぞれ悩みを抱えた、奇妙な制服を身につけた他の美少女たちも集まってくる。夏の京都を舞台に、世界から姿を消したヒロインたちが幸せへと向かう青春の物語が繰り広げられる。