遠い未来、人類は機械生命体との戦いの末、緊急停止回路「Z」を作動させた。これにより巨大なエネルギー衝突が発生し、惑星を破壊する大惨事を引き起こした。それから千年後、少女の助けを求める声に応え、胸に「Z」の文字を持つ少年が姿を現す。