世界が砂の海に覆われてから千年が経過した。かつての科学文明は滅び去り、生き残った人類は、アクアゴージャーと呼ばれる巨大な水を奪う生物との間で、過酷な生存競争を繰り広げていた。辺境の海域に暮らす少年ノアは、ある日、予期せぬ出来事に遭遇する。