巨大な怪獣の襲撃により日本は壊滅的な被害を受け、従来の兵器では対抗できない状況に陥っていた。エースパイロットのヤマト・シドウは、反撃の切り札として開発された巨大生物兵器「カムイ」に搭乗し、怪獣との戦いに挑む。