学校に行けない私たち~サナギからの目覚め~は、自分のペースで学ぶ主人公・千里が、学園祭実行委員会に参加する物語。千里はクラスメートとのコミュニケーションに苦労し、彼らの冷たい態度に直面しながらも困難を乗り越えようとする。