飛燕独立戦闘隊は、帝国陸軍の戦闘機パイロットである松本少尉の戦いを描く。彼はソロモン、ニューギニア、フィリピンの空で川崎キ61「飛燕」を操り、連合軍と激しい戦いを繰り広げながら、知略を駆使して過酷な戦場を生き抜く。