世界が水没し、陸地のほとんどが失われた時代。少年ワダツミは、ある日海岸に打ち上げられた謎の少女と出会う。彼女がどこから来たのか、そして他に人が住める場所があるのか、ワダツミは少女との出会いをきっかけに、水没した世界の真実を探ることになる。
