日本で未知の技術を用いた殺人事件が頻発し、事態を重く見た政府は科学特別捜査部を設立する。この部署には、12歳の天才少年・星名キョウと、格闘ゲーム愛好家の久我山キョウが配属され、彼らが協力して難事件の解決に挑む。