人類は、かつて奴隷として扱っていた種族の反乱によって絶滅の危機に瀕していた。最後の人間の一人であるヤクモは、人類の希望を繋ぐため、残された人間たちとマトリクサーと呼ばれる存在を団結させるべく、世界の中心にある「センター」を目指す旅に出る。