七限目は忍者修行です！

伊賀市出身のお嬢様である服部しのは、学校に馴染めずにいた。友達を作ることは時間の無駄だと考え、毎日を一人で過ごしていた彼女は、ある日、自分の机の中に奇妙な暗号のメモを見つける。「放課後、体育館裏で会おう」。 好奇心に駆られたしのは、指定された場所へ向かう。そこで彼女が出会ったのは、忍者になりたいと願う少女、上野カンナだった。カンナはしのに「忍者修行」と称する忍者ごっこを一緒にしようと誘うが、しのは即座に拒否する。しかし、カンナはしのが断ることを許さない。自称「忍術」を駆使して、しのを次々と騒動に巻き込んでいく。