Cross Daysは、高校1年生の足利勇気が、図書館でよく見かける同級生の桂言葉に惹かれることから始まる。言葉にはすでに恋人がいるにもかかわらず、彼女も勇気に興味を抱き、二人の関係は複雑な展開を迎える。