『舞-乙HiME』の物語から1年後、アリカはマリアの指導のもと、一人前の乙女として成長していた。かつての騒乱の首謀者であるナギは投獄され、各国は平和を保っている。しかし、その平穏の裏で、新たな脅威が静かに動き出そうとしていた。
