僕らはそれを否定できないは、中学2年生の斉藤と鈴木の関係を描いた物語である。1年生の時にいじめられていた鈴木は、斉藤に助けられたことをきっかけに、彼に友情を求める。その出会いを機に、斉藤は鈴木を意識し始め、二人の関係は変化していく。