木星から飛来した謎の異星人艦隊が地球を襲撃し、人類は存亡の危機に瀕していた。地球の最後の希望は、新たに発見された技術を基に建造された最新鋭の宇宙戦艦ナデシコに託される。ナデシコは、寄せ集めのクルーと共に、地球の命運をかけた戦いへと出撃する。