半蔵学院は日本政府が設立した秘密の学園で、次世代の忍者育成を担っている。明るく活発な2年生の飛鳥は、仲間たちと共に厳しい忍術の修行に励む日々を送る。彼女たちは、古くから伝わる忍びの道を究めるため、日々鍛錬を重ねていく。