「MR.APPLICANT」は、虹石と呼ばれる特殊なエネルギー源を動力とする列車が舞台の物語である。この列車は「イブニング」「アフタヌーン」「モーニング」という三つの車両に分かれており、それぞれ異なる役割や乗客を抱えている。