究極の善と究極の悪として創造された機巧童子アルティモとヴァイスは、創造から千年後、現代の西東京で怪物と対峙する。S.K.A.T.警察が能面をつけた怪物の対処に苦慮する中、アルティモが介入し、その圧倒的な力を見せつける。