馬屋古女王は、聖徳太子を主人公とした「日出処の天子」の続編である。物語は聖徳太子の死後、彼の14人の子供たちの間で広がる秘密と不安を軸に展開する。特に、娘である馬屋古女王を中心に、登場人物たちの複雑な人間関係や葛藤が描かれる。