ゼロセンは、太平洋戦争中の1943年7月を舞台にした物語である。北太平洋の孤島に駐屯していた日本兵が、米軍の攻撃から撤退を余儀なくされる場面から始まる。最後の避難中に乗船していた船が損傷するという絶望的な状況下で、彼らの運命が描かれる。