マジック・マスターは、聖杯の書を守護するマーリンが、その正当な継承者を探す物語である。しかし、聖杯の書は魔法の知識も経験もない平凡な中学生の少年に反応してしまう。マーリンは、この予期せぬ事態の真相を探るべく調査を開始する。
