「虐殺器官」は、サラエボが手製の核兵器で破壊された日を境に、テロとの戦いが激化し、全体主義的な監視国家と広範囲にわたる大量虐殺が引き起こされる世界を描く。この混乱の黒幕として、ジョン・ポールというアメリカ人が疑われている。