恋愛メトロは、大学生のアツシとノゾミの関係を描く物語である。アツシは、ノゾミが初恋の相手であるシュウスケと、アツシの妹であるモエとの関係を解消させようと画策する。この行動が、彼らの関係を複雑な状況へと導いていく。