乙姫ダイバーは、大水震によって世界のほぼ全域が海に沈んでから16年後の世界を描く海洋冒険物語である。主人公の巽宮湊は、江ノ島女子海洋学園で高校生になるという夢を抱き、困難な状況の中でもその夢を諦めずに追い続ける。