「怪獣列島少女隊」は、怪獣が出現する世界を舞台にした物語である。転校生のナユナは、ある日一体の怪獣と、その怪獣の腹から現れた少女に遭遇する。この出来事をきっかけに、ナユナは怪獣撃退部隊への参加を決意し、戦いの渦中に身を投じていく。
