政策企画担当の内閣府事務次官である神堂幸次郎は、出張のため羽田空港にいた。その時、滑走路に巨大な謎の構造物が突如出現する。神堂と251人の乗客を乗せた飛行機は、無傷のままその巨大な構造物の中に吸い込まれてしまう。