「マリア×マリア」は、女性に縁がないという家系の言い伝えを持つ瀬呂家の男性、瀬呂正樹を主人公とする物語である。15歳の高校生である彼は、賑やかな女性ばかりの家族から逃れるため寮生活を望むが、そこでもまた奇妙な状況に巻き込まれていく。