「オレたちミュウ探偵団」は、2人の少年がゲームボーイのポケモン赤・緑をプレイし、幻のポケモン「ミュウ」を最初に捕まえることを競い合う物語である。彼らは互いにライバル心を燃やしながら、ミュウの捕獲という共通の目標に向かって冒険を繰り広げる。