世界を脅かすアンドロイドの悪の組織に対抗するため、極秘防衛軍MAPPOが設立された。この物語は、MAPPOのエージェントとして活動する高校生たちの活躍を描く。彼らは学業と任務の両立に奮闘しながら、世界の平和を守るために戦う。