ロックマン11の物語は、Dr.ワイリーが世界征服を企むことから始まる。Dr.ライトは、この脅威に対抗するため、ロックマンに「ダブルギアシステム」を搭載する。ロックマンは新たな力を手にし、Dr.ワイリーが送り込むロボットたちとの戦いに挑む。