ポケットモンスターSPECIAL ファイアレッド・リーフグリーン

『ポケットモンスターSPECIAL ファイアレッド・リーフグリーン』では、レッド、グリーン、ブルーの3人が再び登場する。レッドとブルーは、デオキシスに誘拐されたオーキド博士を救うため、ナナシマ諸島を探索する。一方、グリーンは両親との再会を果たす寸前、謎のブラックホールに飲み込まれてしまう。彼らはかつての敵であるイツキやミュウツーの協力を得ながら、行方不明の親族を探し出し、再びロケット団と対峙することになる。カントー地方では、シルバーもイエローの助けを借りて自身の両親を探す。