秘め百合は、同性愛に対する秘めたる憧れを抱く少女が主人公の物語である。ある日、彼女は兄の結婚相手と同居することになり、その状況が新たな感情や展開を引き起こしていく。少女の内面と、予期せぬ出会いが織りなす人間模様を描く。