天保14年の江戸時代、美しい江戸の町に「妖夷」と呼ばれる異形の存在が出現する。これらの招かれざる来訪者を秘密裏に討伐し、世の秩序を守るため、幕府の裏組織である蛮社改役(ばんしゃあらためやく)が密かに活動を開始する。