次期国王に選ばれるはずだった若者が不可解な死を遂げたのと時を同じくして、国内のあらゆる書物を収蔵する「図書館の塔」が封鎖された。しかし、誰も立ち入ることが許されないはずのその塔の奥深くには、「司書正」と呼ばれる人物が座していた。