漢平9年、4歳の忍者である空丸は、病気の祖父のために薬と煙草を買う資金を得るため、町でキノコを売ることにする。その道中、彼は自身も忍者だと自称する車の泥棒と出会い、3人組の忍者泥棒団を阻止する手助けをすることになる。