物語は20区を舞台に、鈴屋什造のパートナーである阿原半兵衛を語り手兼主人公として描かれる。半兵衛は、喰種捜査官として什造と共に任務にあたる中で、喰種と人間の間に横たわる複雑な現実や、自身の正義と向き合うことになる。