神さま学校の落ちこぼれ

現代社会において、超自然的な問題には現代的な解決策が求められる。政府は神秘的な力を持つ人々のための分類システムや特別な学校を設立し、免許制度を導入していた。奇跡を発現できる者は「ヒミコ」と呼ばれ、完全な認証を得た者のみが「神」の称号を使用できる。高校生のナギは、祖母の死によって家の神社が神性を失い、引きこもりの兄ヒミコに頼れない状況で、神を必要としていた。神を探す中で、ナギは予想以上のものを見つけることになる。