たんこぶは、小節純の記憶から始まるラブストーリーである。純は電車の中で中学校時代を思い出す香りを嗅ぎ、バスケットボールの試合中にぶつかった少女との出会いを回想する。3年後、純はその少女と再会し、二人の間に新たな関係が芽生える。