ポケモンコンテスト出場を目指し旅を続けるサトシ、タケシ、ヒカリの一行は、美しい庭園と建築家ゴーディが手がけた時空の塔で有名なアラモス町を訪れる。しかし、町では原因不明の破壊が相次ぎ、不気味な霧が立ち込めるようになる。
