ルパン三世は幻の秘宝「チェリーサファイア」を狙い、日本に潜入する。時を同じくして、江戸川コナンは毛利小五郎と共に、来日した人気アイドル・エミリオの警護にあたっていた。二つの事件が交錯する中で、世紀の大泥棒と名探偵の信念が激しくぶつかり合う。