孤高けものとおバカヤンキーは、高校生の猪田ナギが、いじめられていた猫獣人を助けたことから始まる物語である。助けた獣人の兄である御家島真生がナギの学校に転校してくる。しかし、真生はナギに対して敵意を抱き、二人の間には複雑な関係が築かれていく。