暗号学園に入学したいろはは、入学早々、次々と難解な暗号の解読を強いられる。そんな中、謎の人物「小声」から、とんでもない秘密が隠された奇妙なメガネを渡される。いろはは、このメガネを手に、暗号学園の深淵に足を踏み入れていく。
