あらすじ
インベーダーとの最初の戦いから32年が経過した。秘密組織A.E.G.I.S.(イージス)は衰退の一途を辿り、わずかなゲートキーパーが残る地下組織と化していた。その一員である伊豆綾音は、社会全体に嫌悪感を抱きながらも、亡き父親への反発心からインベーダーと戦い続けていた。そんな中、かつての強敵である機械将軍と悪魔伯爵が復活したとの情報がもたらされる。さらに、謎の幽霊少女が彼らに同行していることが判明する。綾音と残されたA.E.G.I.S.のメンバーは、この新たな脅威を阻止し、再び人類を救うため立ち上がる。