聖ルミナス女学院

ごく普通の高校生であるカイヘイは、亡くなった祖父が彼に、女子校である聖ルミナスミッション高校の理事長の地位を譲ったことを知らされる。彼は学内で唯一の男子生徒であるだけでなく、校則の制定や行事の運営、罰則の決定といった重責を担う若い理事長となる。しかし、カイヘイが着任すると、学園内で生徒が行方不明になるという事件が発生していることが判明する。カイヘイは、親友たちと共に、警察の介入を避けつつ、卒業までにこの謎を解き明かすことを決意する。